决斗者王国一战结束,武藤游戏的知名度瞬间上升,神秘的埃及石板来到日本展览,牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡,还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆,海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张:欧贝利斯克的巨神兵,而他为了得到剩余的二张神之卡,在童实野市举办了战斗城市大赛,并且以赌牌当作规则,同时新的次世代决斗盘也跟着亮相,而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆,也就是无名法老王的记忆,必须搜集三张神之卡,也参加了这场大赛,各路好手为了搜集六张拼图卡,得到最后的参赛权,纷纷展开决斗;神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。